Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 14.03.1993 yılında kurulmuş olup, 1992-1993 Eğitim Öğretim Yılı Bahar Yarıyılında Cumhuriyet Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünden devralınan 96 öğrenciyle eğitim ve öğretime başlamıştır. Fen Bilimleri Enstitüsü, hâlihazırda 18 Anabilim Dalında Yüksek Lisans programı ve 14 Anabilim Dalında Doktora programını sürdürmektedir.
Fen Bilimleri Enstitüsü, nitelikli öğretim üyeleri ile birlikte ulusal önceliklerimiz ve yöresel ihtiyaçlarımız doğrultusunda bilim ve teknolojinin gelişmesine katkı sağlayacak lisansüstü düzeyde araştırma ve geliştirme faaliyetlerini yürütmeyi; araştırıcı, sorgulayıcı ve çözümleyici düşünce yapısında öğretim üyeleri ve araştırmacılar yetiştirmeyi ve böylece bilim ve teknoloji kültürünün gelişmesinde öncülük yapmayı kendisine amaç edinmiştir. Anabilim dallarımızdaki değerli bilim adamları ve araştırmacılarla, gençlerimizin üretken beyin gücünü ve düşünsel kapasitesini harekete geçirmeye çalışan enstitümüz, üniversitemizin hem dışa açılımına ve hem de bilimsel arenadaki varlığına önemli katkılar sağlamaktadır. Düşünen, üreten, ürettiğini ülke yararına sunan, kendi geleceğini kurabilen ve ülkemizin aydınlık yarınlara ulaşmasına katkı oluşturacak düzeyde bilgili, birikimli, deneyimli birey olmak isteyen gençleri aramızda görmek en büyük arzumuzdur. Fen Bilimleri Enstitüsüne öğrenci kabulü, aşağıda belirtildiği üzere, objektif değerlendirme kriterleri kullanılarak yapılmaktadır.